刘铭传气愤异常，在事件平息后又令官兵进山追捕所有闹事头目。但追来查去，一无所获。刘铭传不愿善罢甘休。他派布政使沈应奎、台东直隶州知府吴本杰、澎湖镇总兵吴宏洛各率所部大军赶到彰化县，拉开全面追捕之势。李嘉棠见大军压境，顿时来了精神。他建议：攻毁鹿港施氏家族所在地及与此事有牵连的二十四庄，并捉拿煽动番民暴动的所有土豪劣绅。“李县令！你的主意好似真的能一网打尽。这样的确解恨。但你想过没有？打击面太大，真的由此闹出更大范围的暴动，刘铭传大人关于抚番清赋的事业就前功尽弃了！”
沈应奎按刘铭传的吩咐，到处张贴安民告示，以此稳定人心。他派将士到各庄喊话：只捉拿施九缎等为首的几名主犯，其余参与者一概不予追究。至此，彰化县的民心才渐渐安定下来。大多数民众表示与施九缎等人断绝关系，不再参与闹事。
沈应奎赶到台北府城来了。他要将进入彰化县以后了解到的全部情况向刘铭传禀报。
“巡抚大人啦！官逼民反，在彰化县被证实了。此次清赋，在其他各县大多能得以平稳推进，惟有在彰化县出了大乱子，县衙有不可推卸的责任呢！”沈应奎心情沉重地说。
“本巡抚也感觉到了，请你具体说说！”
“此次民变，思考起来起因种种，主要是：其一，知县李嘉棠初进彰化县，因该县民气强悍，他急于想以严厉措施遏制歪风，一切只凭主观想象，最终未能真正平息民怨，反而与庄豪绅士关系搞得十分紧张，引起他们的强烈不满；其二，李嘉棠对清赋一事抓得颇紧。他派出的清丈吏员们下乡以后，基本上是按照清赋总局要求办理的，没有明显的违规举动。从这一点上看，施九缎等庄豪是在制造借口，别有用心地与官府对抗；其三，施九缎事件发生前，李嘉棠等早有耳闻。事变之前，在彰化县城内就见到一些匿名的招贴，但没有引起充分重视，思想上准备应变不足，又没有及时地向抚衙或清赋总局报告，只想凭借自己之力，把事态控制住，最后竟酿成大祸；其四，鹿港一带施姓居多，施九缎等人很有势力。光绪十三年时，抚巡大人下令全台开办百货厘金，南北各处商民一律遵办，没有人敢于抗官，惟有施姓一族的人拒不交纳达一年之久。清赋初期，彰化县原县令因办事不力被罢官。而施九缎等人要为他保官，却没有保住。等李嘉棠到任后，果然不能为其左右，便怀恨在心。在清丈之后，查出大量隐田，他们又要挟焚毁丈单。事变后，又暗通消息，使为首罪犯得以多次逃脱……”刘铭传听着这些禀报，始终一言未发。直到沈应奎最后道：“大人，下官禀报完了。”他这才大着嗓门说：“将李嘉棠革职！”